Město Bojkovice leží ve východní části bývalého okresu Uherské Hradiště v blízkosti státní hranice se Slovenskem v podhůří Bílých Karpat. Rozkládá se v údolí řeky Olšavy u jejího soutoku s řekou Koménkou v nadmořské výšce 301 m n. m.